Sau khi Trương Cư Chính mất rồi, Vạn Lịch quyết định nắm trọn quyền hành điều khiển đất nước, trong thời gian đầu tự mình chấp chính, Vạn Lịch chứng tỏ được mình là một hoàng đế có thẩm quyền và siêng năng. Nhìn chung, thời gian này (1582 - 1600) đất nước vẫn phát triển về kinh tế và hùng mạnh về quân sự. Khác với thời gian 20 năm cuối đời, lúc này Vạn Lịch vẫn tham dự các buổi thiết triều sáng và lắng nghe, thảo luận các vấn đề của đất nước.

Trong thời gian 18 năm tự mình chấp chính, Vạn Lịch hoàng đế đã thực hiện 3 chiến dịch quân sự lớn một cách thành công:

1. Phòng thủ trước sự tấn công của Mông Cổ: Ở biên giới phía bắc, một cuộc phản loạn nổ ra và thủ lĩnh phản quân đã kết minh với quân Mông Cổ, đề nghị làm nội ứng cho quân Mông Cổ và yêu cầu quân Mông Cổ tấn công nhà Minh. Vạn Lịch cử Lý Thành Lương và các con đi dẹp, đánh lùi được quân Mông Cổ và diệt được phản loạn.
2. Chiến tranh Nhật Bản-Triều Tiên (1592-1598) (hay Chiến tranh Nhâm Thìn): Toyotomi Hideyoshi sau khi thống nhất Nhật Bản, bắt đầu có ý tưởng bành trướng ra ngoài nên quyết định xâm lược Trung Quốc. Ông cho 20 vạn quân tiến tới Triều Tiên và gửi thư tỏ ý muốn mượn đường đánh nhà Minh, tuy nhiên yêu cầu bị bác bỏ, Hideyoshi quyết định tấn công Triều Tiên để làm bàn đạp tiến vào lục địa. Cuộc chiến mở đầu bất lợi cho Triều Tiên, vì Triều Tiên đã lâu không quan tâm tới việc quân sự trong khi Nhật Bản vừa mới thống nhất và có thể sử dụng các chiến binh dũng mãnh nhất châu Á thời bấy giờ. Vua nhà Triều Tiên gửi thư cầu cứu nhà Minh và được Vạn Lịch đáp trả với việc gửi quân tới Triều Tiên. Vạn Lịch cho thực hiện 3 nước đi chiến lược: đầu tiên, nhà vua gửi 3000 quân tiếp viện Triều Tiên; thứ 2, nếu người Triều Tiên tiến vào lãnh thổ nhà Minh, nhà vua sẽ cho họ chỗ trú ẩn; cuối cùng, nhà vua hạ lệnh cho khu vực Liêu Đông chuẩn bị phòng thủ cho các cuộc đổ bộ của quân Nhật. Hai trận đánh đầu tiên của quân Minh là những thất bại khi Lý Như Tùng bị áp đảo khi phải đối phó với 20 vạn quân Nhật. Vạn Lịch sau đó cho gửi 8 vạn quân tiếp viện, lần này đã thành công hơn khi đánh lui quân Nhật. Việc này buộc Hideyoshi phải rút quân và ký hòa ước có lợi cho nhà Minh. Năm 1596, quân Nhật một lần nữa xâm lược Triều Tiên. Tuy nhiên Hideyoshi chết cùng năm làm cho tướng lĩnh Nhật Bản mất ý chí chiến đấu. Cùng với các chiến thắng của đô đốc hải quân Triều Tiên Lý Thuấn Thần và sự sa lầy của lực lượng bộ binh ở lục địa, quân Nhật đồng ý ký hòa ước và rút quân. Cuộc chiến này tuy xác định vị trí bá chủ của nhà Minh ở khu vực Đông Á, nhưng nó đã tiêu hao gần hết những thành quả kinh tế đạt được trước đó trong triều Vạn Lịch.
3. Cuộc nổi loạn của Dương Ứng Long: Lúc cuộc nổi loạn diễn ra, Vạn Lịch đang tập trung vào chiến tranh ở Triều Tiên nên chỉ cho 3000 quân đi dẹp, tuy nhiên đội quân này đã bị tiêu diệt và tướng cầm quân cũng bị giết. Sau khi kết thúc chiến tranh Triều Tiên, Vạn Lịch chuyển sự tập trung vào cuộc nổi loạn và cho một đội quân đông hơn đi dẹp. Lần này thì Dương Ứng Long thua trận và bị bắt về kinh đô.

Sau khi dẹp được Dương Ứng Long, Vạn Lịch bỏ hẳn việc nghe triều sáng và lui về hậu cung, việc này kéo dài đến hết thời trị vì của Vạn Lịch.